稽查局不予立案后处罚的案子，主管税务机关在特定情况下是可以进行处罚的。具体分析如下：

首先，我们需要明确稽查局和主管税务机关的职能与权限。稽查局通常负责税务稽查工作，对涉嫌税收违法案件进行立案调查；而主管税务机关则负责日常税收管理和税务检查工作，对纳税人的税收行为进行监督和检查。

当稽查局对某个案件不予立案时，这通常意味着该案件不符合稽查局立案的标准或条件。然而，这并不意味着该案件中的税收违法行为就不存在或不会被处理。此时，主管税务机关仍然有权根据税收法律法规的规定，对纳税人的税收行为进行检查和处罚。

具体来说，如果主管税务机关在税务检查过程中发现纳税人存在税收违法行为，且该违法行为属于其管辖范围内，那么主管税务机关就可以依法对纳税人进行相应的处罚。这种处罚可能包括补缴税款、加收滞纳金、罚款等。

需要注意的是，主管税务机关在处罚过程中必须严格遵循税收法律法规的规定，确保处罚的合法性和合理性。同时，纳税人也有权对处罚决定提出异议或申请行政复议、行政诉讼等法律救济措施。

综上所述，稽查局不予立案后处罚的案子，主管税务机关在特定情况下是可以进行处罚的。这取决于主管税务机关在税务检查过程中是否发现纳税人的税收违法行为，以及该违法行为是否属于其管辖范围内。