存单被质押所产生的纠纷案由是质押合同纠纷。

一. 质押合同纠纷的法律依据

根据《民事案件案由规定》，质押合同纠纷属于合同纠纷的一种，具体指因质押合同的订立、履行、变更、解除等产生的纠纷。存单作为质押物的一种，当其被质押并因此产生纠纷时，自然应归类为质押合同纠纷。

二. 质押合同纠纷的实际情况

在存单被质押的情境中，若质权人（即接受存单作为质押的一方）与出质人（即提供存单作为质押的一方）之间就质押合同的效力、质押权的行使、质押物的处置等问题产生争议，即可构成质押合同纠纷。例如，出质人可能主张质押合同无效或质权人无权处置存单，而质权人则可能要求按照质押合同的约定行使质押权。

三. 处理质押合同纠纷的途径

质押合同纠纷可通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在协商和调解无果的情况下，当事人可根据质押合同中的仲裁条款或事后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁；若无仲裁条款或协议，则可向人民法院提起诉讼，由法院依法审理并作出裁决。

我建议在处理存单被质押所产生的纠纷时，首先应明确纠纷的性质为质押合同纠纷，并依据相关法律法规和合同约定来寻求解决方案。如有进一步需要，您可以继续咨询我。