针对您提出的“招标代理不签质疑函怎么处理”的问题，首先我们需要明确的是，根据《政府采购质疑和投诉办法》（财政部令第94号）的相关规定，供应商在政府采购活动中对招标文件等内容提出书面质疑是合法的权利，而采购人或代理机构则应当在法定期限内对质疑进行答复，且答复应当加盖本单位公章。

如果招标代理不签质疑函，即不接受或不回复供应商的质疑函，这实际上违反了上述法规的规定。在这种情况下，供应商可以采取以下步骤来处理：

1. 再次与招标代理沟通：

   • 首先，建议供应商再次与招标代理进行沟通，明确表达对其不签署质疑函的不满，并要求其按照法规要求给予正式答复。

2. 向相关部门投诉：

   • 如果招标代理仍然拒绝签署或回复质疑函，供应商可以向相关的监管部门（如财政部门、政府采购监督管理部门等）进行投诉。投诉时，应提供详细的质疑内容、招标代理的回应情况以及相关的证据材料。

3. 寻求法律救济：

   • 在投诉未能得到满意解决的情况下，供应商还可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。例如，可以向人民法院提起行政诉讼，要求判决招标代理履行其法定职责，对质疑进行正式答复。

4. 保留证据，备查备用：

   • 在整个过程中，供应商应妥善保留所有与质疑和投诉相关的证据材料，包括质疑函、招标代理的回应、投诉记录以及任何可能证明招标代理行为不当的证据。这些证据在后续的法律程序中可能会起到关键作用。

综上所述，招标代理不签质疑函是违反法规的行为，供应商可以通过与招标代理沟通、向相关部门投诉以及寻求法律救济等途径来维护自己的合法权益。同时，也建议供应商在参与政府采购活动时，充分了解并遵守相关的法律法规和程序要求，以确保自己的权益得到有效保障。