当交通局发现公路工程不达标时，会根据具体情况和相关法规采取一系列措施进行处理。以下是对此问题的详细解答：
首先，对于未进行交工验收、交工验收不合格或未备案的工程，如果项目法人擅自开始试运营，交通局（具体为市交通综合行政执法队）将依据《公路工程竣（交）工验收办法》（交通部令第3号，2004年10月1日施行）的相关规定进行处理。具体来说，交通主管部门会责令项目法人停止试运营，并予以警告处罚。
在处理过程中，交通局会遵循一系列程序确保处理的公正性和合法性：
调查责任：交通局会初步调查工程情况，收集相关证据。如果发现违法行为或接到举报，交通运输执法人员将不少于两人前往现场，主动出示执法证件，并进行全面、客观、公正的调查。
立案责任：初步调查后，交通局会对收集的证据材料进行审查，决定是否立案处理。
审查责任：对违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度、当事人陈述和申辩理由等方面进行审查，并提出处理意见。
告知责任：在作出处理决定前，交通局会制作《违法行为通知书》、《责令改正通知书》等相关法律文书，书面告知当事人违法事实及其享有的陈述、申辩等权利。
决策责任：对于重大行政处罚，交通局会依据相关规定进行集体讨论，并作出具体处罚内容的决策。
决定责任：根据审理情况，交通局会决定是否予以行政处罚。如果需要给予行政处罚，将制作《行政处罚决定书》，载明违法事实和证据、处罚依据和内容、申请行政复议或提起行政诉讼的途径和期限等内容。
送达责任：交通局会在规定期限内将相关法律文书送达当事人。
执行责任：监督当事人在决定的期限内履行生效的处罚决定，如执行责令停止违法行为、罚款等处罚项目。
此外，如果交通局的执法人员存在玩忽职守、对应当制止和处罚的违法行为不予制止或处罚等行为，导致公民、法人或其他组织的合法权益、公共利益和社会秩序遭受损害，将依法追究相关责任人员的行政处分；情节严重构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。
综上所述，交通局对公路工程不达标的情况会采取严格的监管措施和处罚手段，以确保公路工程的质量和安全。