针对您提出的“路政建设施工工程不合格交通主管部门会作出怎么样处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，路政建设施工工程不合格可能涉及多种违法行为，包括未经批准擅自施工、违反施工规范导致工程质量不合格等。交通主管部门会根据具体的违法行为和情节轻重，依据相关法律法规进行处罚。

一、未经批准擅自施工

如果路政建设施工工程未经有关交通主管部门批准擅自进行，根据《中华人民共和国公路法》（2017年修订本）第七十五条的规定，交通主管部门可以责令停止施工，并可以处五万元以下的罚款。同时，根据《建设工程质量管理条例》的相关规定，建设单位未取得施工许可证或者开工报告未经批准，擅自施工的，也将被责令停止施工，限期改正，并处工程合同价款百分之一以上百分之二以下的罚款。

二、工程质量不合格

对于路政建设施工工程存在质量问题的情况，虽然具体的处罚措施可能因地区、具体法规及案件情况而有所不同，但通常交通主管部门会依据相关法律法规进行严厉处罚。这可能包括责令整改、罚款、吊销施工许可证、降低或取消企业资质等行政处罚，甚至可能涉及刑事责任。

在处理这类问题时，交通主管部门通常会遵循以下程序：

1. 立案责任：发现违法行为后，交通主管部门会进行审查，决定是否立案。
2. 调查责任：对立案的案件，指定专人负责，及时组织调查取证，确保事实清楚、证据确凿。
3. 审查责任：对案件调查报告进行审查，包括违法事实、证据、调查取证程序、法律适用等方面。
4. 告知责任：在作出行政处罚前，会制作《违法行为通知书》送达当事人，告知其违法事实及享有的陈述、申辩等权利。
5. 决策责任：根据审查结果，作出具体处罚内容的决策，可能包括罚款、责令整改等。
6. 决定责任：制作行政处罚决定书，并依法送达当事人。
7. 执行责任：依照生效的行政处罚决定，执行相应的处罚项目。

此外，如果交通主管部门的工作人员在履行职责过程中存在玩忽职守、徇私舞弊、滥用职权等行为，构成犯罪的，将依法追究刑事责任；尚不构成犯罪的，也将依法给予行政处分。

综上所述，路政建设施工工程不合格时，交通主管部门会根据具体的违法行为和情节轻重，依据相关法律法规进行处罚。因此，建议施工单位在施工过程中严格遵守相关法律法规和规范标准，确保工程质量合格，避免不必要的法律风险和损失。