孕妇的年终奖计算方式主要受到法律保护、公司政策以及个人工作表现的影响。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律保护
《劳动法》与《劳动合同法》：
- 这两部法律明确规定，用人单位不得因女职工怀孕而降低其工资或解除劳动合同。年终奖作为劳动报酬的一部分（如果劳动合同或公司制度中有明确规定），孕期员工应当与其他员工同等享受。
《女职工劳动保护特别规定》：
- 该规定禁止对孕期女职工进行歧视性待遇，包括克扣奖金。因此，公司不能因为员工怀孕而扣减其年终奖。
二、公司政策与个人情况
绩效考核：
- 如果公司的年终奖是基于绩效考核的，并且考核制度公平透明，那么孕妇的年终奖将根据其绩效结果来计算。如果孕妇因个人原因（如长期请假）导致绩效未达标，公司可能会按比例扣减年终奖，但这必须确保考核标准适用于全体员工，而非针对孕期员工特殊设置。
出勤与纪律：
- 如果孕妇存在无故缺勤、违反公司规章制度等行为，公司可能会根据相关制度扣减其年终奖。但这需要符合法定程序，如书面警告、听证等。
公司经营状况：
- 如果公司因经营困难而决定取消全员年终奖，那么孕妇也会受到影响。但这种情况下，公司必须确保这一决定适用于全体人员，而非仅针对孕期员工。
合同或制度约定：
- 如果劳动合同或公司制度中明确规定了年终奖的发放条件（如试用期不享受年终奖、全年出勤率低于一定比例不发放等），并且这些条款不违反法律强制性规定，那么孕妇的年终奖将按照这些规定来计算。
三、争议处理建议
核查公司制度：
- 孕妇应首先核查公司的年终奖发放规则是否写入劳动合同或经过民主程序公示，并确认是否存在针对孕期的歧视性条款。
保留证据：
- 孕妇应保存好工资条、考勤记录、公司通知等材料，以证明自己符合奖金发放条件。
协商沟通：
- 如果发现年终奖被扣减，孕妇应主动与HR或上级沟通，要求公司给出合理的扣发依据。
法律途径：
- 如果协商未果，孕妇可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
综上所述，孕妇的年终奖计算方式应受到法律的保护和公司的公平对待。如果因怀孕本身被区别对待导致年终奖被扣减，孕妇可以坚决维权；如果因绩效、纪律等合法因素导致年终奖被扣减，则需接受结果。