在建工合同中，认定疫情期间的相关事项主要遵循以下几个方面的原则和指导意见：

一、疫情的性质认定

根据相关法律法规和司法解释，疫情及疫情防控措施被认定为不可抗力。这是因为疫情本身具有突发性，无法预见、无法避免、无法短期内克服，符合不可抗力的“三不”特性。同时，疫情防控措施作为政府依据《中华人民共和国传染病防治法》等法律规定采取的隔离、管制等强制性措施，也直接阻碍了合同的履行，因此同样构成不可抗力。

二、合同履行的调整

1. 变更或解除合同：

   • 因疫情或疫情防控措施导致双方无法按照约定履行合同的，合同签订双方可以根据实际情况要求变更或者解除合同。
   • 当事人对于合同不能履行或者损失扩大有可归责事由的，应当依法承担相应责任。

2. 工期顺延：

   • 如果疫情或疫情防控措施导致建设工程未按期完工，适用不可抗力免责的规定，工期可以相应顺延。
   • 但需注意的是，在疫情或疫情防控措施前已经因其他原因停工的，该停工期间不能相应顺延工期。

3. 费用调整：

   • 疫情防控期间进行建设工程项目施工所产生的疫情防护费用，如防疫物资、现场封闭隔离防护措施、隔离劳务人员工资等，可计入工程造价。
   • 具体费用承担需根据合同中的约定确定，或由发承包双方协商并办理经济签证或签订补充协议。

三、具体操作建议

1. 及时通知与协商：

   • 受疫情影响的当事人应及时通知对方，并协商合同履行的调整方案。
   • 协商过程中应保留好相关证据，以便后续可能的纠纷解决。

2. 参考政府指导意见：

   • 各地住房和城乡建设主管部门会发布关于疫情防控期间建设工程计价的指导意见，当事人应参照执行。
   • 如吉林省住房和城乡建设厅就明确规定了疫情防控期间建设工程计价的具体措施。

3. 合理分担损失：

   • 发承包双方应按照不可抗力有关规定和合同约定合理分担因疫情防控导致的损失和费用增加。
   • 双方应本着实事求是和公平公正的原则进行协商，确保合同的公平性和可执行性。

综上所述，在建工合同中认定疫情期间的相关事项时，应充分考虑疫情及疫情防控措施的不可抗力性质，以及由此对合同履行产生的影响。双方应依据相关法律法规和指导意见进行协商和调整，确保合同的顺利履行和双方权益的保障。