税务机关可以没收假发票。

分析说明：

• 根据《中华人民共和国发票管理办法》（国函〔1993〕174号）第三十七条的规定，对于知道或者应当知道是私自印制、伪造、变造、非法取得或者废止的发票而受让、开具、存放、携带、邮寄、运输的行为，税务机关有权进行处罚。
• 该条款明确规定，在此情形下，税务机关不仅可以处以罚款，还可以对违法所得进行没收。这意味着，如果持有或涉及假发票，税务机关有权进行没收。

处理流程：

• 若发现有人持有或涉及假发票，税务机关将依法进行调查。
• 在确认假发票的事实后，税务机关将依据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，对假发票进行没收，并根据情节轻重处以相应的罚款。

结论补充说明：

• 税务机关是负责发票管理和监督的专门机关，对于假发票的查处具有明确的法律依据和执法权限。
• 因此，如果发现有假发票的情况，应当及时向税务机关举报，以便税务机关依法进行处理。

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