在代理商知道加盟商委托的业务事项违规仍然进行代理的情况下，法律责任应由被代理人（加盟商）和代理人（代理商）共同承担。具体分析如下：
根据《民法典》第一百六十七条的规定，代理人知道或者应当知道代理事项违法仍然实施代理行为，或者被代理人知道或者应当知道代理人的代理行为违法未作反对表示的，被代理人和代理人应当承担连带责任。这意味着，在代理商明知加盟商委托的业务事项违规的情况下，如果仍然进行代理，那么一旦该违规行为导致法律后果，代理商和加盟商都需要承担相应的法律责任。
具体来说：
代理商的责任：代理商作为专业的代理机构或个人，有义务对加盟商委托的业务事项进行审查，并确保其合法性。如果代理商明知业务事项违规仍然进行代理，那么其行为就构成了违法代理，需要承担相应的法律责任。
加盟商的责任：加盟商作为委托方，也有义务确保其所委托的业务事项的合法性。如果加盟商明知或应当知道代理商的代理行为违法，却未作反对表示，那么加盟商也需要对因此产生的法律后果承担连带责任。
综上所述，代理商和加盟商在明知业务事项违规的情况下仍然进行代理，都需要对因此产生的法律后果承担连带责任。因此，在进行商业合作时，双方都应谨慎审查业务事项的合法性，以避免不必要的法律风险。