关于申请房屋协议无效，首先需要明确的是，这并不是向某个特定部门申请的过程，而是通过法律途径来解决的问题。在我国，确认合同（包括房屋协议）无效，通常需要通过诉讼或仲裁的方式来进行。下面我会详细解释这一过程：

一、核心结论

申请房屋协议无效，不是向某个部门申请，而是需要通过向人民法院提起诉讼的方式来进行。

二、详细解释

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同无效的情形包括但不限于：一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；以合法形式掩盖非法目的；损害社会公共利益；违反法律、行政法规的强制性规定等。

2. 诉讼程序：

   • 如果你认为房屋协议存在上述无效情形，可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，请求确认该协议无效。
   • 在诉讼过程中，你需要提供充分的证据来证明协议无效的事实和理由。
   • 法院将会对案件进行审理，并根据事实和法律作出判决。如果判决确认协议无效，那么该协议自始没有法律约束力。

3. 其他途径：

   • 在某些情况下，如果双方对协议无效没有争议，也可以考虑通过协商或调解的方式来解决。但这需要双方都有诚意和意愿，且能够达成一致意见。

三、注意事项

• 在提起诉讼前，建议咨询专业律师，对案件进行全面评估和分析，以确保诉讼的成功率。
• 准备充分的证据材料是诉讼成功的关键，因此务必收集并整理好所有相关证据。
• 诉讼过程可能会涉及一定的时间和成本，因此需要做好心理准备和财务规划。

总之，申请房屋协议无效并不是一个简单的过程，而是需要通过法律途径来解决。如果你面临这样的问题，建议尽快咨询专业律师，并采取相应的法律行动。