土地局在特定情况下有权注销农村房产二证，但未经通知即注销且房产灭失的行为不合法。针对您提出的问题，我将从以下几个方面进行分析：

一. 土地局注销房产二证的权限

根据《不动产登记暂行条例》的相关规定，不动产灭失或者权利人放弃不动产权利时，可以申请注销登记。这意味着在特定情况下，如房屋因自然灾害、拆除等原因灭失，或者权利人自愿放弃房屋所有权时，土地局（不动产登记机构）有权办理房产证的注销登记。

二. 注销房产二证是否需要通知产权人

虽然《不动产登记暂行条例》并未明确规定注销登记时必须通知产权人，但从行政程序公正和透明的角度来看，通知产权人是应当的。通知产权人不仅是对其合法权益的尊重，也是确保行政程序合法性的重要环节。

三. 未经通知即注销且房产灭失的行为是否合法

未经通知即注销房产二证且导致房产灭失的行为是不合法的。这种行为违反了行政程序的基本原则，即合法、公正、公开原则。土地局在注销房产二证前，应当确保已经履行了必要的通知程序，并给予了产权人申辩和救济的机会。如果未经通知即注销且导致房产灭失，产权人有权依法提出异议，并要求土地局给出合理解释或采取相应的补救措施。

四. 建议与措施

1. 查询注销原因：如果产权人发现自己的房产二证被注销且未收到通知，应首先向土地局查询注销的具体原因。

2. 核实注销程序的合法性：产权人可以要求土地局提供注销登记的相关文件和证据，以核实注销程序的合法性。如果发现注销程序存在瑕疵或违法情形，产权人可以依法提出异议或申请行政复议、行政诉讼等救济措施。

3. 寻求法律帮助：如果产权人在处理此类问题时遇到困难或不确定的情况，建议寻求专业律师的帮助以确保自己的合法权益得到维护。

我的观点是，土地局在注销农村房产二证时必须严格遵守相关法律法规和程序规定，确保通知产权人并履行必要的行政程序。未经通知即注销且导致房产灭失的行为是不合法的，产权人有权依法维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。