结论：危层改造的房产证在不告知本人的情况下注销，一般是不合法的。
分析说明：
房产证注销的法定程序：
- 房产证的注销通常涉及产权的变更或消灭，这必须遵循严格的法定程序。根据相关法律法规，房产证的注销一般需要产权人提出申请，或者由相关部门在特定情况下（如房屋被征收、拆迁等）依法进行。
- 在注销过程中，相关部门应当通知产权人，并保障其合法权益。如果未经产权人同意或未履行法定程序而擅自注销房产证，这通常构成违法行为。
危层改造与房产证注销的关系：
- 危层改造是指对存在安全隐患的房屋进行加固、修缮或重建等工程。这并不直接导致房产证的注销，除非改造后的房屋性质、用途或产权发生了根本性变化。
- 如果危层改造后，房屋仍然属于原产权人所有，且用途和性质未发生改变，那么房产证不应被注销。即使需要更换新的房产证，也应遵循法定程序，并通知原产权人。
不告知本人注销房产证的合法性：
- 在未告知本人的情况下注销房产证，显然违反了法定程序，剥夺了产权人的知情权、参与权和申诉权。
- 这种行为可能构成对产权人合法权益的侵害，产权人有权依法追究相关部门的法律责任，并要求恢复其房产证的效力。
法律建议：
- 如果您发现自己的房产证在不告知的情况下被注销，首先应当收集相关证据，如房产证原件、注销通知（如果有的话）、相关部门的处理决定等。
- 然后，您可以向当地房地产管理部门或相关政府部门提出申诉，要求恢复房产证的效力或给予合理的解释和赔偿。
- 如果申诉无果，您可以考虑通过法律途径解决争议，如提起行政诉讼或民事诉讼等。
后续行动与风险提示：
- 在处理此类问题时，建议您保持冷静，不要采取过激行为。同时，及时咨询专业律师（如我）的意见，以便更好地维护自己的合法权益。
- 需要注意的是，如果房屋确实存在安全隐患且需要改造，您应当积极配合相关部门的工作，并按照规定办理相关手续。否则，您可能面临法律责任和行政处罚。