招标文件上没有注明预付款，合同上是可以有预付款条款的。具体分析如下：

在建设工程领域，招标文件通常是招标人向潜在投标人发出的邀请，其中包含了工程的基本情况、投标要求、评标标准等内容。而合同则是招标人与中标人之间就工程的具体实施达成的协议，具有法律约束力。

招标文件上没有注明预付款，并不意味着合同上不能约定预付款。因为合同是双方协商一致的结果，只要双方就预付款的支付比例、支付时间等条款达成一致，并明确写入合同中，就是合法有效的。

当然，在实际操作中，如果招标文件中没有提及预付款，而合同中却出现了预付款条款，可能会引发一些争议或质疑。为了避免这种情况，建议在签订合同前，双方应就预付款等关键条款进行充分沟通和协商，确保双方对合同条款的理解一致，并明确记录在合同中。

总之，招标文件上没有注明预付款，并不妨碍合同上约定预付款条款。关键在于双方应就相关条款进行充分协商，并确保合同条款的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。