在处理建设工程合同中实际施工人与保理公司之间的纠纷时，我们可以从以下几个方面来着手：

1. 明确合同关系与责任：

   • 首先，需要详细审查建设工程合同以及实际施工人与保理公司之间的相关协议，明确各方的权利、义务和责任。这包括但不限于工程款支付条款、保理融资条款、违约责任等。
   • 通过合同审查，确定纠纷的具体性质和争议焦点，为后续处理提供基础。

2. 协商与调解：

   • 在纠纷初期，建议双方通过友好协商或第三方调解的方式来解决争议。这有助于节省时间、成本和保持商业关系。
   • 可以邀请专业的法律顾问或调解机构参与，以提供更专业的意见和协助双方达成和解。

3. 法律诉讼：

   • 如果协商和调解无法达成一致，或者纠纷涉及重大利益，实际施工人可以考虑通过法律诉讼来维护自己的权益。
   • 在提起诉讼前，需要收集充分的证据来支持自己的主张，包括合同文件、往来函件、支付凭证等。
   • 委托专业的律师代理诉讼，以确保诉讼过程的合法性和有效性。

4. 考虑其他法律手段：

   • 除了诉讼外，还可以考虑其他法律手段，如申请仲裁、执行公证债权文书等。
   • 这些手段通常具有更高效、更灵活的特点，可以根据具体情况选择适用。

5. 风险防范与合同管理：

   • 为了避免未来类似纠纷的发生，实际施工人应加强合同管理，确保合同条款的明确性和完整性。
   • 同时，应建立完善的风险防范机制，对可能出现的风险进行预测和评估，并制定相应的应对措施。

综上所述，处理建设工程合同中实际施工人与保理公司之间的纠纷需要综合考虑多个方面，包括合同关系与责任的明确、协商与调解的尝试、法律诉讼的准备、其他法律手段的考虑以及风险防范与合同管理的加强。如果您在具体操作中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。