不合法。底薪2200元，上21天班却只给2100元，这种情况通常是不合法的，但具体还需根据劳动合同的具体条款以及当地的法律法规来详细分析。

首先，底薪一般是指员工按月工作的基本工资，不应因出勤天数的不同而有所变化（除非劳动合同中有特别约定或者公司规章制度、集体合同等有明确规定，且这些规定不违反法律法规）。如果劳动合同中明确约定了底薪为2200元，且没有约定底薪会根据出勤天数进行调整，那么员工上21天班，其工资应当不低于底薪2200元。

其次，如果公司实际支付的工资低于劳动合同约定的底薪，那么公司就违反了劳动合同的约定，也违反了《劳动法》和《劳动合同法》中关于工资支付的相关规定。员工有权要求公司按照劳动合同的约定支付工资，也有权向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

最后，建议员工在遇到类似问题时，先与公司进行沟通协商，要求公司按照劳动合同的约定支付工资。如果沟通无果，可以保留相关证据（如劳动合同、工资条、出勤记录等），向当地的劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁。

综上所述，底薪2200元上21天班只给2100元是不合法的，员工有权要求公司按照劳动合同的约定支付工资，并可以通过法律途径来维护自己的合法权益。