非法经营罪存疑不起诉的主要理由是检察机关认为案件存在证据不足或无法证明犯罪嫌疑人构成非法经营罪的情况。具体分析如下：

一. 证据不足

1. 缺乏关键证据：在非法经营罪的案件中，若检察机关审查后发现关键证据缺失，如没有充分的交易记录、没有明确的违法所得证据等，导致无法形成完整的证据链，则可能因证据不足而存疑不起诉。
2. 证据矛盾或无法查证：如果案件中的证据存在矛盾，或者某些证据的真实性、合法性无法查证，使得检察机关无法确信犯罪嫌疑人的行为构成非法经营罪，同样可能存疑不起诉。

二. 无法证明犯罪嫌疑人构成非法经营罪

1. 行为性质不明确：非法经营罪要求行为人实施了违反国家规定，非法经营，扰乱市场秩序，情节严重的行为。如果检察机关认为犯罪嫌疑人的行为虽然存在违规之处，但并未达到非法经营罪的构成要件，或者行为性质难以界定，则可能存疑不起诉。
2. 法律适用存疑：在非法经营罪的案件中，法律适用的准确性至关重要。如果检察机关认为案件涉及的法律条款存在歧义，或者案件事实与法律规定不完全吻合，导致无法准确适用法律，也可能存疑不起诉。

我的观点：非法经营罪存疑不起诉的理由主要围绕证据和法律适用两个方面。检察机关在审查案件时，会严格遵循证据规则和法律规定，确保案件的公正处理。如果案件存在证据不足或法律适用存疑的情况，检察机关会依法作出存疑不起诉的决定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。