约定甲乙双方所在地法院管辖通常是有效的，但前提是该约定不违反《中华人民共和国民事诉讼法》中关于级别管辖和专属管辖的规定，并且是双方真实意思的表示。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与原则
协议管辖的法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条：“合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。”
协议管辖的有效性要件：
- 双方需以书面形式明确约定管辖法院；
- 约定的管辖法院必须与争议存在实际联系；
- 不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
二、甲乙双方所在地法院管辖的有效性分析
符合实际联系要求：
- 甲乙双方所在地通常属于“与争议有实际联系的地点”，因为双方作为合同主体，其住所地或主要办事机构所在地与合同履行、权利义务关系具有直接关联。
不违反级别管辖和专属管辖：
- 若案件不属于法律规定的必须由特定级别法院（如中级人民法院）或专属法院（如不动产所在地法院）管辖的情形，则约定甲乙双方所在地法院不会触发无效条款。
形式合法性：
- 管辖条款需以书面形式存在于合同中，或通过补充协议、独立管辖协议等文件固定，口头约定无效。
三、可能导致无效的情形
违反专属管辖规定：
- 如涉及不动产纠纷，依法应由不动产所在地法院管辖，此时约定甲乙双方所在地法院可能无效（具体需看合同约定及案件性质）。
规避级别管辖规则：
- 若案件标的额或性质要求由上级法院审理，而双方通过约定基层法院管辖试图降低审级，该约定可能被认定无效。
格式条款效力争议：
- 若一方利用优势地位单方拟定管辖条款且未合理提示对方，可能因显失公平被撤销，但不影响已达成合意的非格式条款效力。
四、实际操作建议
明确约定：在合同中明确约定管辖法院时，应确保该约定符合《民事诉讼法》及相关司法解释的规定，以避免因约定不清或违反法律规定而引发不必要的争端。
书面形式：管辖条款必须采用书面形式，以确保其法律效力。
了解案件性质：在约定管辖法院前，应了解案件的性质和可能涉及的专属管辖或级别管辖规定，以避免约定无效。
综上所述，约定甲乙双方所在地法院管辖在符合法定条件下是有效的。但在实际操作中，应谨慎考虑并明确约定相关条款，以确保其在争议解决时的有效性和可执行性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。