当公司发现员工私拿回扣时，这是一个严重的问题，需要采取一系列措施来妥善处理。以下是一些建议，希望能为您提供清晰、详细且有深度的解答。

一、全面收集证据

首先，为了确定员工私拿回扣的事实，公司必须全面且细致地收集证据。这些证据包括但不限于：

• 交易记录：它能清晰反映资金的流向和交易情况，是证明回扣行为存在的重要线索。
• 发票与收据：作为业务往来的重要凭证，发票和收据上的信息可能与回扣行为直接相关。
• 聊天记录：包括电子邮件、短信、即时通讯软件等，可能包含回扣交易的相关信息或员工的自认行为。
• 证人证言：相关同事、客户或供应商的证言，也能为回扣行为的存在提供佐证。

收集到的证据应确保真实、完整且合法，以便为后续处理提供有力支持。

二、依据规章制度处理

在收集到充分证据后，公司应仔细审查内部的规章制度，特别是关于员工行为规范和奖惩机制的部分。如果规章制度中明确禁止私拿回扣，并且规定了相应的处罚措施，那么公司可以依据这些条款来处理涉事员工。

• 解除劳动合同：在证据确凿的情况下，公司有权依据规章制度与员工解除劳动合同，并且无需支付经济补偿。在解除合同通知中，应明确指出解除原因是员工私拿回扣的违纪行为。

三、法律责任追究

从法律层面来看，员工私拿回扣可能构成职务侵占或非国家工作人员受贿罪等犯罪行为。如果回扣数额较大，或者行为性质恶劣，公司可以考虑向公安机关报案，让司法机关来追究员工的刑事责任。

四、挽回公司损失

除了法律手段外，公司还应积极采取措施来挽回因员工私拿回扣所造成的经济损失。

• 要求返还回扣款项：公司有权要求员工返还已经拿到手的回扣款项，这是减少经济损失的直接方式。
• 民事诉讼赔偿：如果员工的行为还给公司带来了其他经济损失，比如因回扣导致的采购成本增加、客户流失等，公司可以通过民事诉讼的方式要求员工进行赔偿。

五、完善公司制度

最后，但同样重要的是，公司应借此机会对自身的财务、采购等相关制度进行审查和完善。通过增加审核环节、建立举报机制、加强员工培训等方式，加强监督管理，防止类似事件再次发生。

综上所述，处理员工私拿回扣的问题需要公司从多个方面入手，包括收集证据、依据规章制度处理、法律责任追究、挽回公司损失以及完善公司制度。只有这样，才能有效维护公司的合法权益，遏制此类不良行为的发生。