当员工在工作中损坏仪器时，赔偿问题的处理需要根据具体情况来细致分析。以下是一套清晰、详细且深度的解答方案：

一、判定责任性质

首先，要判断员工损坏仪器的责任性质，这主要分为以下几种情况：

1. 故意损坏：

   • 如果员工故意损坏仪器，那么员工需要承担全部的赔偿责任。赔偿金额将依据仪器的实际价值来确定，比如仪器价值十几万，员工就需按此金额全额赔偿。

2. 重大过失：

   • 重大过失指的是员工严重违反操作规程或疏忽大意导致仪器损坏。在这种情况下，员工可能需要承担大部分赔偿责任，具体比例会根据实际情况来确定。

3. 一般过失：

   • 如果员工只是由于一般过失，如轻微疏忽或操作不当导致仪器损坏，那么赔偿通常会按照公司内部规定或劳动合同中的约定来进行。

二、赔偿处理

1. 赔偿比例与方式：

   • 对于一般过失，赔偿可能按一定比例进行，如20%-50%等。具体比例会根据公司政策和实际情况来确定。
   • 赔偿方式通常有两种：一是一次性支付赔偿款；二是按月从工资中扣除。如果选择按月扣除，每月扣除比例不能超过员工当月工资的20%，并且扣除后的工资不能低于当地最低工资标准。

2. 保险理赔与追偿：

   • 如果损坏的仪器有保险，公司可以先向保险公司进行理赔。理赔后，公司再根据内部规定或劳动合同中的约定，向员工追偿相应部分。

三、注意事项

1. 公正评估：

   • 在处理赔偿问题时，公司应公正评估员工的过失程度和仪器的实际价值，确保赔偿金额的合理性和公正性。

2. 沟通协商：

   • 公司应与员工进行充分沟通，了解员工的意见和想法，尽量通过协商达成一致的赔偿方案。

3. 遵守法律法规：

   • 在处理赔偿问题时，公司应遵守相关法律法规，确保赔偿过程的合法性和合规性。

综上所述，员工在工作中损坏仪器的赔偿问题需要根据具体情况来细致处理。公司应公正评估员工的过失程度和仪器的实际价值，并与员工进行充分沟通协商，以确保赔偿方案的合理性和公正性。同时，公司也应遵守相关法律法规，确保赔偿过程的合法性和合规性。