公司在合法支付经济补偿金后，员工仍拒绝离职，公司有权采取一系列措施来维护自身权益。以下是具体的分析和建议：

1. 明确赔偿金的性质与支付情况：

   • 若公司合法解除劳动合同并支付了经济补偿金，员工拒绝离职则构成违约行为。
   • 赔偿金的标准应依据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，根据劳动者在单位工作年限确定。

2. 公司的权利与义务：

   • 公司有权要求员工按照约定履行离职手续。
   • 公司应出具解除或终止劳动合同的证明，并在规定时间内办理相关手续。

3. 员工的权利与义务：

   • 员工在解除或终止劳动合同时，有权获得经济补偿。
   • 员工应按时离职，无正当理由拒绝离职可能构成对公司正常运营秩序的干扰。

4. 公司应对措施：

   • 沟通协商：首先尝试与员工友好沟通，了解其不愿意离开的具体原因，尝试通过协商解决问题。
   • 书面通知：若沟通无效，向员工发送书面通知，明确双方的约定以及离职的期限和要求，并告知不配合的不利后果，如按旷工处理、停发工资及福利等。
   • 劳动调解：如员工仍然拒绝离职，可向当地的劳动争议调解组织申请调解，通过第三方介入协调矛盾。
   • 法律途径：若调解不成，公司可向劳动争议仲裁机构申请仲裁，要求员工按照约定履行离职义务，并准备好相关证据支持公司的主张。

5. 员工可能面临的风险：

   • 员工无正当理由拒绝离职时，公司有权按照规章制度进行处理，如扣除相应的工资、报警处理等。
   • 员工的滞留行为可能影响其职业声誉和未来的就业机会。

综上所述，公司在合法支付经济补偿金后，员工仍拒绝离职的情况下，公司应首先尝试通过沟通协商解决问题。若协商无果，可采取书面通知、劳动调解及法律途径等措施来维护自身权益。同时，员工也应依法行使权利，避免不当行为带来的法律风险。