当事人约定申请支付令的法院是有效的，但前提是该约定符合法律的相关规定。具体来说：

1. 支付令的申请条件：

   • 债权人请求给付的只能是金钱或者有价证券（如汇票、股票、债券等）。
   • 请求给付的金钱或者有价证券已到期且数额确定。
   • 债权人与债务人之间不存在其他债务纠纷，即双方权利义务清晰。
   • 支付令需通过有效方式送达债务人。
   • 债权人需向有管辖权的法院申请，通常是债务人住所地或经常居住地的基层人民法院。

2. 法院约定的有效性：

   • 如果当事人在合同中明确约定了申请支付令的法院，并且该法院符合上述管辖权的规定，那么这种约定是有效的。
   • 约定法院有助于简化程序，提高解决纠纷的效率，因为双方已经就管辖问题达成了共识。

3. 支付令的法律效力：

   • 支付令一经制作发出即具有督促效力，债务人需在规定期限内履行债务或提出书面异议。
   • 如果债务人在规定期限内既未提出异议又未履行支付令，支付令即发生法律效力，债权人可申请强制执行。

4. 需要注意的问题：

   • 即便有约定，如果债务人在法定期间内提出有效的书面异议，支付令也可能失效，此时债权人需要通过诉讼程序来解决纠纷。
   • 债权人在申请支付令时，应确保提供的证据材料充分且真实，以支持其债权主张。

综上所述，当事人约定申请支付令的法院在符合法律相关规定的前提下是有效的。这种约定有助于简化程序，提高纠纷解决效率。但债权人也应注意相关法律规定和程序要求，以确保其权益得到有效保障。