首先，我们要明确一点：违章建筑本身是不合法的，因为它违反了相关的建筑法规或城市规划。那么，基于违章建筑进行的借钱协议，其合法性就会受到质疑。

接下来，我们从几个角度来分析这个问题：

1. 协议内容的合法性：

   • 如果借钱协议中仅仅涉及金钱的借贷，并没有直接涉及违章建筑的所有权或使用权作为借贷的条件或担保，那么协议中关于金钱借贷的部分可能是合法的，但违章建筑的存在可能是一个风险点，影响借款人的还款能力。
   • 如果协议中明确将违章建筑作为借贷的担保或条件，那么这部分内容是不合法的，因为违章建筑没有合法的产权，不能作为担保物。

2. 协议执行的风险：

   • 即使协议中关于金钱借贷的部分是合法的，但由于违章建筑的存在，如果借款人无法还款，出借人可能难以通过法律途径追讨债务，因为违章建筑可能随时被拆除，无法作为执行标的。
   • 此外，如果出借人明知是违章建筑还接受其作为担保，那么出借人自身也存在一定的过错，可能会影响其法律权益的保护。

3. 法律后果：

   • 如果协议中涉及违章建筑作为担保或条件，并且因此引发纠纷，法院可能会认定这部分内容无效，甚至整个协议都可能因此而被认定为部分或全部无效。
   • 出借人可能会面临无法追回借款的风险，而借款人也可能因为协议无效而逃避还款责任。

综上所述，违章建筑借钱的协议在合法性上存在很大问题。建议出借人在进行借贷时，务必谨慎审查借款人的还款能力和担保物的合法性，避免因为违章建筑等不合法因素而引发法律纠纷。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。