行政复议在实质性化解行政争议中确实面临一些实质性困难。这些困难主要体现在以下几个方面：
行政复议机关的独立性与公正性：
- 行政复议机关作为行政机关的一部分，其独立性和公正性可能受到一定影响。在某些情况下，复议机关可能会倾向于维护原行政机关的决定，导致复议结果难以让申请人信服。
行政复议程序的透明度与参与度：
- 行政复议程序的透明度不足，申请人往往难以充分了解复议过程和结果的理由。同时，申请人的参与度也有限，缺乏有效的听证和质证机制，使得复议结果难以反映申请人的真实诉求。
行政复议的专业性与效率：
- 行政复议涉及的法律问题往往较为复杂，需要复议机关具备较高的专业素养。然而，在实际操作中，复议机关的专业水平可能参差不齐，影响复议结果的准确性和公正性。同时，行政复议的效率也有待提高，长时间的复议过程可能让申请人感到疲惫和不满。
行政复议与行政诉讼的衔接：
- 行政复议与行政诉讼作为解决行政争议的两种途径，其衔接存在一些问题。例如，复议前置制度的适用范围有限，导致部分行政争议无法直接通过复议解决；同时，复议与诉讼之间的证据规则和审查标准也可能存在差异，导致复议结果与诉讼结果不一致。
针对上述困难，建议从以下几个方面进行改进：
- 加强行政复议机关的独立性和公正性：通过完善复议机关的设置和人员配置，确保复议机关的独立性和公正性，提高复议结果的公信力。
- 提高行政复议程序的透明度和参与度：加强复议程序的公开透明，保障申请人的知情权、参与权和表达权，提高复议结果的公正性和可接受性。
- 提升行政复议的专业性和效率：加强复议机关的专业培训和能力建设，提高复议机关的专业素养和效率，确保复议结果的准确性和及时性。
- 完善行政复议与行政诉讼的衔接：优化复议前置制度的适用范围，加强复议与诉讼之间的衔接和协调，确保复议结果与诉讼结果的一致性。
总之，行政复议在实质性化解行政争议中面临诸多实质性困难，但通过加强复议机关的独立性和公正性、提高复议程序的透明度和参与度、提升复议的专业性和效率以及完善复议与诉讼的衔接等措施，可以逐步克服这些困难，更好地发挥行政复议在解决行政争议中的作用。