法院对违建没有认定权，在判决时不能直接认为企业建筑没有合法性而不予合法赔偿。

首先，我们需要明确几个关键点：

1. 违建的认定权：违建的认定通常由相关的行政管理部门（如城乡规划部门、建设部门等）进行，法院并不直接具备这一认定权。
2. 法院判决的依据：法院在判决时，主要依据的是相关法律法规、证据以及当事人的陈述和辩论。
3. 合法赔偿的前提：合法赔偿通常基于财产权的合法性，但如果建筑被认定为违建，其合法性就会受到质疑，进而影响赔偿。

现在，我们根据这些关键点来分析问题：

• 法院虽然没有直接认定违建的权力，但在审理相关案件时，会考虑建筑是否合法这一因素。如果建筑被相关行政管理部门认定为违建，法院在判决时会考虑这一事实。
• 如果建筑尚未被认定为违建，或者存在争议，法院不会直接认定其没有合法性。法院会依据证据和法律规定，对建筑的合法性进行审慎判断。
• 即使建筑被认定为违建，法院在判决赔偿时也会考虑多种因素，如建筑的历史背景、当事人的过错程度、损失大小等。因此，并不是所有违建都不会得到合法赔偿。

综上所述，法院在判决时不会仅因为建筑是违建就直接认为其没有合法性而不予合法赔偿。法院会综合考虑多种因素，包括建筑的合法性、当事人的过错、损失大小等，来做出公正的判决。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。