没参加投标的公司不可以对中小企业的申明函提出质疑。以下是对此结论的详细解释：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关法规，投标人和其他利害关系人认为招标投标活动不符合法律规定的，有权向招标人提出异议或者依法向有关行政监督部门投诉。但这一权利是基于参与投标或与投标活动有直接利害关系的前提。

2. 质疑的主体资格：

   • 质疑通常是由投标人或其他利害关系人提出的，这些利害关系人通常指的是与招标项目有直接经济或法律关系的主体，如未中标的投标人、潜在投标人等。
   • 没参加投标的公司，由于未参与投标活动，与招标项目没有直接的经济或法律关系，因此不具备提出质疑的主体资格。

3. 质疑的提出时机和程序：

   • 质疑通常需要在特定的时机内提出，如中标候选人公示期间，并按照法定的程序进行。
   • 没参加投标的公司由于未参与投标过程，无法及时获知招标活动的相关信息，也无法按照法定程序提出质疑。

4. 申明函的性质：

   • 申明函是中小企业就某一事项作出的书面声明或解释，通常不涉及招标活动的具体流程或结果。
   • 因此，即使申明函内容存在问题，也不属于招标投标法规定的可以质疑的范畴。

综上所述，没参加投标的公司不具备对中小企业申明函提出质疑的主体资格和法律依据。如果该公司认为申明函内容存在问题且与其有间接利害关系，可以通过其他合法途径表达意见或寻求救济，如向相关部门举报或寻求法律咨询等。