公司收取保证金是不合法的。

根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位在招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，也不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。这一规定旨在保护劳动者的合法权益，避免用人单位将经营风险不合理地转嫁给劳动者。

如果公司违反了这一规定，收取了员工的保证金，那么员工可以向劳动行政部门投诉。劳动行政部门会责令公司限期退还给员工，并且可能会对公司处以罚款。如果公司给员工造成了损害，还需要承担赔偿责任。

因此，公司在招用员工时，应遵守相关法律法规，不得收取任何形式的保证金或押金。如果员工遇到公司收取保证金的情况，应及时向劳动行政部门反映，以维护自己的合法权益。