当法院确认行政行为违法后，会有一系列后续处理措施。以下是对这一问题的详细解答：
首先，一旦行政行为被法院确认为违法，人民法院有权责令被诉行政机关采取相应的补救措施。这些补救措施可能包括但不限于撤销或更正原行政行为、重新作出合法行政行为、恢复受侵害的权益等，具体取决于违法行为的性质、后果以及受侵害人的具体诉求。
其次，如果这一违法行为给当事人造成了损失，行政机关应当依法承担赔偿责任。这意味着，当事人有权要求行政机关对其因违法行为所遭受的直接和间接损失进行赔偿。赔偿的具体数额和方式，通常需要根据实际情况进行计算和协商，如果无法达成一致，当事人还可以进一步通过法律途径寻求救济。
此外，根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，对于判决撤销的违法行政行为，如果撤销该行为将会给国家利益、公共利益或者他人合法权益造成损失的，人民法院在判决撤销的同时，还可以采取以下方式处理：
判决被告重新作出具体行政行为，即要求行政机关在法定期限内重新作出合法、合理的行政行为；
责令被诉行政机关采取相应的补救措施，以消除违法行为的后果；
向被告和有关机关提出司法建议，建议其改进工作、完善制度、加强监管等，以防止类似违法行为的再次发生；
如果发现违法犯罪行为，人民法院还可以建议有权机关依法处理，以确保违法者受到应有的法律制裁。
综上所述，当法院确认行政行为违法后，会根据具体情况采取一系列后续处理措施，包括责令行政机关采取补救措施、要求行政机关承担赔偿责任、判决重新作出行政行为等，以维护法律秩序和当事人的合法权益。