店铺合伙人协议一般不影响店员要求赔偿的权利。下面是详细分析：

首先，我们要明确几个核心点：

1. 店铺合伙人协议：这是你和公司之间关于合伙经营店铺的协议，主要约束的是你和公司之间的权利与义务。
2. 店员：店员是店铺的员工，与店铺（或你作为合伙人的店铺）之间存在劳动关系。
3. 要求赔偿：这通常指的是店员因某种原因（如工伤、工资拖欠等）向店铺或相关责任人提出赔偿请求。

接下来，我们分析店员要求赔偿的法律依据和可能性：

1. 劳动法律关系：店员与店铺之间建立的是劳动法律关系，受《劳动法》和《劳动合同法》等法律法规的保护。如果店铺（或你作为合伙人）违反了相关劳动法律法规，导致店员权益受损，店员完全有权要求赔偿。
2. 合伙人协议与劳动关系：虽然你与公司签订了店铺合伙人协议，但这并不改变店员与店铺之间的劳动关系。合伙人协议主要调整的是你和公司之间的内部关系，而店员与店铺之间的劳动关系是外部关系，两者在法律上是独立的。
3. 赔偿责任的承担：如果店员因店铺的经营行为（如工伤）而受损，赔偿责任应由店铺承担。在合伙经营的情况下，你可能需要根据合伙人协议的约定，与公司共同承担这部分赔偿责任，但这并不影响店员向店铺（或你作为合伙人的店铺）提出赔偿请求的权利。

综上所述，店铺合伙人协议一般不影响店员要求赔偿的权利。如果店员因店铺的经营行为而权益受损，他们完全有权根据相关法律法规向店铺（或你作为合伙人的店铺）提出赔偿请求。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。