关于“约定合同只作为开票不作为付款依据”的效力问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

核心结论：此类约定在合同中可能具有法律效力，但其具体效力取决于合同的整体内容、相关法律法规以及双方的实际情况。

1. 合同意思自治原则：

   • 根据合同法的意思自治原则，合同双方有权自由约定合同内容，只要该约定不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的合法权益，即应认定为有效。
   • 因此，如果合同中明确约定“只作为开票不作为付款依据”，且该约定是双方真实意思表示，那么该约定在合同双方之间应具有法律效力。

2. 税法与合同法的关系：

   • 开票通常与税法相关，而付款则是合同法下的义务。两者虽有联系，但分属不同法律体系。
   • 合同中的此类约定可能涉及税法上的合规性问题。例如，如果开票后未实际付款，可能导致税务风险或税务稽查。因此，在签订此类约定时，双方应充分考虑税法规定，确保合规性。

3. 实际履行与证据效力：

   • 在实际履行中，如果双方确实按照“只开票不付款”的约定执行，且没有其他证据表明双方有付款的合意或实际付款行为，那么该约定将作为判断双方权利义务的重要依据。
   • 然而，如果后续发生纠纷，法院或仲裁机构在裁决时，除了考虑合同中的此类约定外，还会综合考虑其他证据，如双方的交易习惯、聊天记录、付款凭证等，以判断双方的真实意思表示和合同的实际履行情况。

4. 风险与建议：

   • 对于此类约定，双方应谨慎考虑其可能带来的法律风险和税务风险。
   • 建议在签订合同时，明确双方的权利义务，确保约定清晰、无歧义，并充分考虑税法规定和实际履行情况。
   • 如遇纠纷，应及时咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的解决方案。

综上所述，“约定合同只作为开票不作为付款依据”的效力取决于多种因素，包括合同的整体内容、相关法律法规以及双方的实际情况。在签订和履行此类合同时，双方应充分考虑各种风险，并寻求专业法律意见以确保合规性和安全性。