针对您提出的“工程竣工验收办理结算后发现永久性瑕疵的质量问题怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，当工程结算后发现存在永久性瑕疵的质量问题时，您应首先回顾和检查与工程相关的合同条款。合同中通常会明确关于工程质量、验收标准、保修期限以及争议解决方式等关键条款。这些条款将是您后续处理此问题的重要依据。

接下来，您可以按照以下步骤进行处理：

1. 与承包商沟通：

   • 首先，尝试与承包商进行友好沟通，明确指出发现的永久性瑕疵，并要求其按照合同约定进行修复或赔偿。
   • 保留好与承包商的沟通记录，包括邮件、电话记录或会议纪要等，以备后续使用。

2. 依据合同条款寻求法律救济：

   • 如果合同中明确规定了关于质量问题的处理方式，如修复、赔偿或重新施工等，您应按照合同条款执行，并要求承包商承担相应的责任。
   • 如果承包商拒绝履行合同义务，您可以考虑依据合同条款向法院提起诉讼或申请仲裁，以维护您的合法权益。

3. 寻求专业机构鉴定：

   • 如果双方对瑕疵的性质、程度或修复费用存在争议，您可以委托专业的工程质量鉴定机构或造价鉴定机构进行鉴定。
   • 鉴定结果将作为处理争议的重要依据，有助于明确责任划分和赔偿金额。

4. 保留证据，备查备用：

   • 在整个处理过程中，务必保留好所有与工程瑕疵相关的证据，包括照片、视频、检测报告、沟通记录等。
   • 这些证据将在后续的法律程序中发挥重要作用，帮助您证明自己的主张。

5. 考虑保修期限与后续维护：

   • 如果工程仍在保修期限内，您可以要求承包商按照保修条款进行修复或更换。
   • 如果工程已超过保修期限，您需要评估修复的成本和可行性，并考虑与承包商协商解决方案。

综上所述，当工程竣工验收办理结算后发现永久性瑕疵的质量问题时，您应首先依据合同条款与承包商进行沟通并寻求解决方案。如果无法达成一致，您可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益，并保留好所有相关证据以备后续使用。