高校横向课题一般不建议与自己有股份的甲方公司签订。下面我将从几个角度详细解释这一观点：

1. 法律合规性：

   • 高校作为事业单位，其行为受到严格的法律法规约束。签订横向课题合同时，必须确保合同的合法性和合规性。
   • 如果高校与自己有股份的甲方公司签订合同，可能会引发利益输送、关联交易等合规问题，甚至可能触犯相关法律法规。

2. 独立性与公正性：

   • 高校在科研活动中应保持独立性和公正性，以确保科研结果的客观性和准确性。
   • 与自己有股份的甲方公司签订合同，可能会影响科研的独立性和公正性，因为双方可能存在利益关联。

3. 资金管理与使用：

   • 高校横向课题的资金通常来源于政府拨款、社会捐赠或企业合作等渠道，必须严格按照相关规定管理和使用。
   • 如果与自己有股份的甲方公司签订合同，资金的管理和使用可能会受到更多质疑和监管，增加不必要的风险和麻烦。

4. 声誉与影响：

   • 高校作为学术研究和人才培养的殿堂，其声誉和形象至关重要。
   • 与自己有股份的甲方公司签订合同，可能会引发社会舆论的关注和质疑，对高校声誉造成不良影响。

综上所述，从法律合规性、独立性与公正性、资金管理与使用以及声誉与影响等多个角度来看，高校横向课题一般不建议与自己有股份的甲方公司签订。如果确实需要与相关企业合作，应确保合作的合法性和合规性，并遵循相关法律法规和高校内部管理规定。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。