公司有两套章是否违法，这取决于具体的使用情况和目的。以下是对此问题的详细分析：

1. 一般情况下，公司应仅使用一枚经备案的公章：

   • 公章是公司对外行使权力、进行民事活动的重要代表标识，具有唯一性和法定性。
   • 根据相关法律法规，公司公章需根据公司法到公安局指定的定点刻字社制作，并经过备案，以确保其合法性和唯一性。
   • 使用未经备案的公章可能会引发合同效力方面的争议，给公司带来法律风险和经济损失。

2. 特殊情况下，公司可能拥有多枚专用章：

   • 在某些特殊情况下，如业务拓展、不同分支机构或特定业务场景需要，公司可以经过合法审批、备案等程序刻制特定用途的专用章。
   • 这些专用章有严格的界定和区分，并不等同于拥有两个具有同等效力、随意使用的公章。
   • 专用章的使用应严格遵守相关法律法规和公司内部管理规定，确保其合法性和规范性。

3. 违法使用多枚公章的后果：

   • 如果公司未经法定程序擅自刻制或使用多枚具有同等效力的公章，将扰乱公司管理秩序和经济秩序。
   • 一旦因使用多刻的公章引发纠纷，该公章所产生的行为效力可能不被认可，公司还可能因此面临法律责任追究，包括但不限于行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。

综上所述，公司有两套章是否违法取决于具体的使用情况和目的。一般情况下，公司应仅使用一枚经备案的公章；在特殊情况下，可以经过合法审批、备案等程序刻制特定用途的专用章。但无论何种情况，公司都应严格遵守相关法律法规和公司内部管理规定，确保公章的合法性和规范性。如有任何关于公章的疑问或需求，建议及时向我咨询，以确保操作合规，避免法律风险。