针对你提出的问题“高估冒算甲方扣减违约金合法吗”，我首先给出明确的结论：在合同中约定高估冒算扣减违约金是合法的，但具体条款的有效性及违约金的数额需根据具体情况判断。

接下来，我详细解释这一结论：

1. 合同约定的有效性：

   • 建设工程施工合同中，双方可以约定因高估冒算而扣减违约金的条款。这种条款是双方私法行为的结果，并非行政处罚性质，应定性为约定性惩罚违约金。
   • 只要该条款是双方真实意思表示，不违反国家法律法规强制性规定和公序良俗，即为有效合同。

2. 违约金的数额调整：

   • 我国合同法规定的违约金性质是以补偿性为主，以惩罚性为辅。因此，对于约定类惩罚性违约金，法院可能会根据公平原则和实际情况进行调减。
   • 例如，在某案例中，二审法院就将原约定的惩罚性违约金比例从5%调减为1%，认为这样更符合合同法的原则和精神。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 在签订合同时，双方应明确约定高估冒算的定义、计算方式及违约金的数额或比例。
   • 发生高估冒算时，甲方应确保扣减违约金的依据充分、合理，并遵循合同约定的程序进行。
   • 乙方则应尽量避免高估冒算行为，以免承担不必要的违约责任。

综上所述，高估冒算甲方扣减违约金在合同中是合法的，但具体条款的有效性及违约金的数额需根据合同内容、双方真实意思表示及法律法规进行判断和调整。如有具体合同纠纷或疑问，欢迎随时向我咨询。