旷工一天扣两天工资，员工签字认可了，这一做法在大多数情况下仍然是不合法的。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
   • 《工资支付暂行规定（1994年版）》第十六条也指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。

2. 签字认可的有效性：

   • 虽然员工签字认可了考勤制度，但这并不意味着该制度中的所有条款都合法有效。
   • 如果考勤制度中的扣款条款违反了法律法规的强制性规定，那么即使员工签字认可，该条款也是无效的。

3. 合理性与公平性：

   • 旷工一天扣两天工资的做法在合理性和公平性上存在问题。
   • 这种做法可能超出了劳动者因旷工行为给用人单位造成的实际经济损失，构成了对劳动者的不合理处罚。

4. 企业正确处理方式：

   • 企业应该通过合法、合理、公正的方式来处理员工的旷工行为。
   • 可以制定明确的考勤制度和奖惩机制，但扣款金额应该在合理范围内，并且需要遵循法律法规的规定。

5. 劳动者的维权途径：

   • 如果劳动者认为用人单位的扣款规定不合法或不合理，可以与用人单位协商解决。
   • 协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

综上所述，旷工一天扣两天工资的做法在大多数情况下是不合法的，即使员工签字认可了考勤制度，也不能改变这一事实。用人单位在处理员工旷工问题时，应该遵循法律法规的规定，确保处理方式的合法性和合理性。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。