针对您提出的事业单位违反规定发放加班费、值班费和未休年休假补贴的问题，以下是我的详细解答：

一、核心结论

事业单位违反规定发放加班费、值班费和未休年休假补贴是违法的，单位应严格遵守相关法律法规和内部管理政策，确保薪酬福利发放的合规性。

二、详细分析

1. 加班费发放规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关政策，事业单位在安排劳动者加班时，应支付不低于工资的150%（工作日延长工作时间）、200%（休息日且不能安排补休）或300%（法定节假日）的工资报酬。
   • 加班费的计算基数应以劳动者的工资为标准，不得低于劳动者本人正常劳动应得的工资，并参照上述标准进行计算。

2. 值班费与未休年休假补贴：

   • 值班费：若值班涉及加班情形，同样应按照劳动法规定的加班费标准支付。若值班不构成加班，则根据单位内部政策或合同约定支付。
   • 未休年休假补贴：根据《职工带薪年休假条例》，用人单位未安排职工休年休假的，应按照职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬。日工资收入按职工本人月工资除以月计薪天数（21.75天）折算。

3. 违规后果：

   • 单位可能面临劳动纠纷、财政法规违反等法律风险，需承担经济赔偿责任，甚至可能受到行政处罚或追究刑事责任。
   • 对于公务员单位和按公务员管理的事业单位，违规发放津贴补贴还可能受到党纪政纪处分。

三、建议与措施

为避免上述风险，事业单位应：

• 严格遵守相关法律法规和内部管理政策，确保薪酬福利发放的合规性。
• 明确加班、值班与年休假的具体规定，合理界定支付范围和标准。
• 加强财务管理和内部审计，确保资金使用的合法性和规范性。
• 对于已违规发放的部分，应尽快进行整改，追回资金，并按照规定重新发放。

综上所述，事业单位在发放加班费、值班费和未休年休假补贴时，必须严格遵守相关法律法规和内部管理政策，确保薪酬福利的合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。