学校内部制定的规章制度，只要内容合法、程序合规，就是合法的。以下是详细分析：
一. 内容合法性
- 不得违反法律法规：学校制定的规章制度，其内容必须严格遵守国家法律法规，不得有任何违法条款。例如，规章制度中不能规定侵犯学生人身权利、财产权利的内容，也不能违反教育法、未成年人保护法等相关法律法规。
- 保障学生权益：规章制度应当体现对学生权益的保障，如规定学生的知情权、申诉权等，确保学生在学校内的合法权益不受侵犯。
二. 程序合规性
- 制定程序：学校制定规章制度时，应当遵循一定的程序，如征求师生意见、公开讨论等，确保规章制度的制定具有广泛参与性和民主性。
- 备案与审查：规章制度制定完成后，通常需要向教育行政部门备案，并接受其审查。这一步骤是为了确保规章制度的内容符合法律法规的要求，同时也是对学校规章制度的一种监督。
三. 实际案例
- 例如，某学校制定了一项关于学生作息时间的规章制度，规定学生每天必须早起晨跑。这一规定本身并未违反法律法规，且有助于培养学生的健康习惯。但如果该规定过于严苛，如要求学生凌晨五点起床，则可能侵犯学生的休息权利，此时该规章制度就可能因内容不合法而无效。
综上所述，学校内部制定的规章制度在内容合法、程序合规的前提下是合法的。这些规章制度有助于维护学校的正常秩序，保障学生的合法权益。同时，学校也应当定期对规章制度进行审查和更新，以适应法律法规的变化和学校发展的需要。我建议学校在制定规章制度时，务必注重内容的合法性和程序的合规性，确保规章制度的合法有效。如有进一步需要，您可以继续咨询我。