如果公司未上报不定时劳动关系，法院一般倾向于认定该劳动关系为标准工时制下的劳动关系。以下是对此问题的详细分析：

1. 劳动关系类型的法律界定：

   • 根据我国《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，劳动关系主要分为标准工时制、综合计算工时制和不定时工作制。
   • 不定时工作制需要经过劳动行政部门的审批，如果公司未进行上报或审批未通过，则不能认定为不定时工作制。

2. 法院对未上报不定时劳动关系的处理：

   • 在劳动争议案件中，如果公司主张双方存在不定时工作制劳动关系，但未能提供有效的审批文件或证据，法院一般不会支持这一主张。
   • 法院会倾向于根据劳动法的默认规定，即标准工时制，来认定双方的劳动关系。

3. 标准工时制下的劳动关系特点：

   • 标准工时制下，劳动者每日工作时间不超过8小时，每周工作时间不超过40小时。
   • 超出部分应视为加班，公司需按照法律规定支付加班费。

4. 法律建议：

   • 对于公司而言，如果想要实行不定时工作制，必须严格按照法律规定的程序进行申报和审批。
   • 对于劳动者而言，如果公司未上报不定时劳动关系，而实际上又要求按照不定时工作制来工作，可以依法向劳动行政部门投诉或提起劳动争议仲裁，维护自己的合法权益。

综上所述，如果公司未上报不定时劳动关系，法院在审理劳动争议案件时，一般会认定该劳动关系为标准工时制下的劳动关系。因此，公司在处理劳动关系时，应严格遵守法律规定，确保劳动关系的合法性和合规性。