发生交通事故后双方协商后离开，但有一方后来不承认的情况，处理起来需要谨慎且有序。以下是我为您提供的详细建议：

首先，明确结论：

遇到这种情况，您应首先保持冷静，积极收集证据，并通过法律途径来维护自己的合法权益。具体步骤包括收集现场证据、报警处理、以及可能的民事诉讼。

接下来，详细分析：

1. 收集现场证据：

   • 事故发生后，即使双方初步协商并离开，您也应尽可能回溯并收集现场证据。这包括事故现场的照片、视频（如行车记录仪记录）、目击者证言等。
   • 这些证据对于后续的责任认定和纠纷解决至关重要。

2. 报警处理：

   • 立即向交警部门报警，并说明事故情况。
   • 交警会进行现场勘查、调查取证，并出具交通事故责任认定书。这份认定书具有权威性和公信力，是划分责任的重要依据。
   • 即使一方后来不承认，交警部门的调查记录和认定书也能作为有力证据。

3. 民事诉讼：

   • 如果协商无果，且对方不承认事故责任，您可以通过民事诉讼来解决问题。
   • 在诉讼过程中，您需要提供充分证据来证明事故确实发生，以及对方存在过错。
   • 法院会根据证据规则进行审查判断，并依法判定双方责任。

4. 其他注意事项：

   • 如果对交通事故责任认定不认可，您可以在收到认定书之日起三日内向上一级公安机关交通管理部门提出书面复核申请。
   • 在整个处理过程中，保持冷静和理性至关重要。不要因为对方的不承认而乱了阵脚，而是要积极收集证据，通过法律途径来维护自己的权益。

最后，总结：

发生交通事故后双方协商后离开，但有一方后来不承认的情况并不罕见。关键在于保持冷静、积极收集证据，并通过报警和民事诉讼等法律途径来解决问题。如果您在处理过程中遇到任何困难或疑问，欢迎随时向我咨询。