医疗机构未办理制剂许可证的，将依法予以取缔，没收违法生产、销售的药品和违法所得，并处违法生产、销售的药品货值金额二倍以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。具体分析如下：

一. 未取得制剂许可证的法律后果

1. 取缔与没收：根据《中华人民共和国药品管理法》第七十二条，未取得《医疗机构制剂许可证》生产药品的，将依法予以取缔，并没收违法生产、销售的药品和违法所得。
2. 罚款：同样依据该法条，未取得许可证的医疗机构还将被处以违法生产、销售的药品货值金额二倍以上五倍以下的罚款。
3. 刑事责任：如果构成犯罪，还将依法追究刑事责任。

二. 执法流程

1. 检查与立案：市场监督管理机关在检查中发现或接到群众投诉、举报等，对涉嫌未取得制剂许可证的医疗机构进行初步核实，符合立案条件的及时立案。
2. 调查与取证：立案后，执法人员将出示执法身份证件，表明执法身份，并依法调查和保存证据。
3. 告知与决定：在作出行政处罚前，会告知当事人作出行政处罚决定的事实、理由及依据，并告知当事人依法享有的权利。充分听取当事人的意见后，作出行政处罚决定。
4. 送达与执行：行政处罚决定书将在规定期限内送达当事人，并监督当事人履行。如当事人逾期不履行，将依法采取加处罚款、申请法院强制执行等措施。

综上所述，医疗机构未办理制剂许可证将面临严重的法律后果，包括取缔、没收、罚款以及可能的刑事责任。因此，我建议医疗机构务必遵守相关法律法规，及时办理制剂许可证，以确保合法合规地开展医疗活动。如有进一步需要，您可以继续咨询我。