面对非法行医有微信转账记录但对方不承认的情况，可以从多个角度进行处理。

一. 收集证据

1. 收集微信转账记录：微信转账记录属于电子数据，是法定的证据类型之一。只要能够证明微信使用人就是当事人双方，且该记录具有合法性、真实性和关联性，就可以作为法律证据使用。
2. 收集其他相关证据：除了微信转账记录，还应收集其他能够证明非法行医行为的证据，如医疗记录、收据、处方、药品包装、相关照片或视频等。这些证据应当能够清晰地表明对方在没有合法行医资格的情况下进行了医疗行为。

二. 向卫生行政部门举报

1. 举报流程：在收集到足够证据后，可以向当地卫生行政部门进行举报。卫生行政部门将会依法进行审查，并作出是否受理的决定。
2. 法律依据：根据《医疗事故处理条例》第三十九条，卫生行政部门应当自收到医疗事故争议处理申请之日起10日内进行审查。

三. 寻求法律帮助

1. 咨询专业律师：如果卫生行政部门的处理结果不满意，或者非法行医行为造成了严重后果，可以咨询专业律师，了解自身权益和可能的法律救济途径。
2. 准备起诉材料：律师可以帮助你评估证据的充分性，提供法律建议，并帮助你准备起诉材料。

四. 提起诉讼

1. 刑事责任：根据《中华人民共和国刑法》第三百三十六条，未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金。如果非法行医行为导致患者重伤、死亡等严重后果，刑罚将更为严厉。
2. 民事责任：同时，你也可以提起民事诉讼，要求对方赔偿因非法行医行为造成的损失。

五. 注意事项

1. 保护隐私：在收集证据的过程中，要注意保护个人隐私，避免侵犯他人的合法权益。
2. 配合调查：如果卫生行政部门或公安机关介入调查，应积极配合，提供所知悉的信息和证据。

我的观点是，面对非法行医有微信转账记录但对方不承认的情况，应首先收集全面、充分的证据，包括微信转账记录和其他相关证据。然后向卫生行政部门举报，并视情况寻求法律帮助和提起诉讼。在此过程中，要遵守法律法规，确保自身行为的合法性和正当性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。