公司扣罚制度的合法性需根据具体情况判断。以下是详细分析：

一. 合法情况分析

1. 基于法律法规授权：若法律、法规明确赋予公司扣罚员工的权力，则公司的扣罚行为具有合法性。例如，某些特殊行业的企业可能依据行业监管规定对违规员工进行扣罚。
2. 基于劳动合同或规章制度约定：当员工与公司在劳动合同中明确约定了扣罚条款，或公司制定的规章制度（需经过民主程序制定并已向员工公示）中明确规定了对员工违规行为的扣罚措施，且这些约定或规定不违反法律法规的强制性规定时，公司的扣罚行为可能具有合法性。但需注意，扣罚应公平合理，不能过分加重员工负担。

二. 违法情况分析

1. 缺乏法律依据和有效约定：若既没有法律法规的明确授权，劳动合同或规章制度中也没有相关约定，公司自行设立扣罚制度对员工进行扣罚，这种行为通常是违法的。因为公司不具备行政机关所拥有的行政处罚权。
2. 规章制度不合法或未公示：即使公司有规章制度规定扣罚，但若该规章制度的制定未遵循民主程序，未向员工公示，或内容违反法律法规的强制性规定（如扣罚金额过高、损害员工基本权益等），则以此为依据进行的扣罚行为也是违法的。
3. 滥用扣罚权力：公司以扣罚为名，实际上是为了不合理地克扣员工工资，或扣罚与员工的违规行为严重不相当，这种滥用权力的扣罚同样是违法的。

三. 合法处理方式建议

• 经济赔偿：若员工的行为给公司造成了经济损失，公司可以依据劳动合同的约定或合法有效的规章制度要求员工赔偿，但赔偿应合理，并遵循相关法律法规的规定。
• 其他合法手段：对于员工的不当行为，公司可以通过警告、记过、降级、撤职等合法手段进行处理。

综上所述，公司扣罚制度的合法性并非一概而论，而是需根据具体情况来判断。公司应确保扣罚行为有明确的法律依据或合法有效的约定作为支撑，并遵循公平、合理的原则进行。同时，员工也应了解自己的合法权益，并在权益受到侵害时及时维权。如有进一步需要，您可以继续咨询我。