在以租代征的情况下，关于最后由谁赔偿的问题，我们可以从以下几个方面进行分析：
政府部门主导或参与的情况：
- 如果政府部门主导或参与了以租代征行为，那么政府部门应当承担赔偿责任。这是因为政府部门作为公权力机关，其行为应当严格遵守法律法规。如果违反土地管理法规，非法占用土地进行非农业建设，政府部门应当对被征地农民等相关权益人进行补偿。
租赁方明知参与的情况：
- 若租赁方明知是以租代征行为而参与其中，也可能需要承担相应责任。租赁方与政府部门共同构成侵权行为，对被侵权方造成的损失应共同承担赔偿责任。这是因为租赁方在明知行为违法的情况下仍然参与，应当视为共同侵权人，承担连带责任。
被征地农民等权益人的权利：
- 对于被征地的农民等权益人，他们有权要求获得合理的补偿，包括土地征收补偿费用、因征地而导致的损失等。如果因以租代征行为导致其权益受到损害，他们可以通过法律途径向相关责任方主张赔偿。这是保护被征地农民合法权益的重要体现。
综上所述，在以租代征的情况下，赔偿责任的承担需要根据实际情况进行判断。如果是政府部门主导或参与，政府部门应当承担赔偿责任；如果租赁方明知而参与，也可能需要承担相应责任。被征地农民等权益人有权要求获得合理补偿，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。在具体案件中，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见和帮助。