在刑事案件中，如果上级认为不构成犯罪而下级机关不采纳该意见，下级机关应依法独立行使职权，同时可参考上级意见并进行充分说理或申请复核。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 下级机关应依法独立行使职权

• 在刑事案件的侦查、起诉和审判过程中，各级公安机关、检察机关和审判机关都应依法独立行使自己的职权。这意味着，即使上级机关或上级领导对案件有特定看法，下级机关仍需根据案件事实和法律规定，独立作出判断。

二. 参考上级意见并进行充分说理

• 虽然下级机关应独立行使职权，但上级机关的意见通常具有一定的指导性和参考性。因此，在下级机关不采纳上级意见时，应充分说明不采纳的理由，包括案件事实、法律依据以及为何认为上级意见不适用于本案等。
• 例如，下级机关在审查案件时，发现上级机关对案件性质的认定存在偏差，或是对法律条文的解释有误，此时下级机关应详细阐述自己的观点，并附上相关法律依据，以支持其不采纳上级意见的决定。

三. 申请复核或寻求法律救济

• 如果下级机关与上级机关在案件处理上存在重大分歧，且下级机关认为其决定符合法律和事实，那么下级机关可以考虑向上级机关申请复核，或者通过法律程序寻求救济。
• 例如，在检察机关对公安机关的移送起诉案件进行审查时，如果检察机关认为公安机关对案件的定性或处理有误，可以退回公安机关补充侦查或提出纠正意见。如果公安机关不采纳检察机关的意见，检察机关可以向上级检察机关申请复核，或者依法提起公诉，由法院进行最终裁决。

综上所述，在刑事案件处理中，下级机关应依法独立行使职权，同时参考上级意见并进行充分说理。如果与上级机关存在重大分歧，下级机关可以考虑申请复核或寻求法律救济。我的观点是，下级机关在行使职权时，既要尊重上级机关的指导意见，又要坚守法律底线和原则，确保案件的公正处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。