关于您提到的“医疗补助费6个月”的问题，这确实涉及到了劳动法规的具体条款。首先，我们需要明确的是，《劳动部关于实行劳动合同制度若干问题的通知》（劳部发[1996]354号）这一文件目前并未被废止，它依然具有一定的法律效力。

然而，具体到您所描述的情况——员工因自身疾病已休病假超过法定医疗期（但在劳动合同期内），现仍需调养无法工作，并提出如公司需解除劳动合同关系，除支付经济补偿外，还应支付6个月的医疗补助费——我们需要仔细分析这一规定是否适用。

根据劳动关系司的回复，劳部发[1996]354号文件中关于劳动合同期满终止支付患病职工医疗补助费的规定，并不适用于您所提及的解除劳动合同的情形。这意味着，仅仅依据这一文件，并不能直接得出公司需要支付6个月医疗补助费的结论。

那么，在这种情况下，公司是否需要支付医疗补助费，以及支付的具体标准和期限，就需要参考更全面的劳动法规，并结合具体的劳动合同条款、公司政策以及当地的劳动法规实践来确定。

总的来说，虽然劳部发[1996]354号文件并未被废止，但关于医疗补助费的具体支付情况，还需要根据具体的情境和法规来综合判断。建议您在处理此类问题时，咨询专业的劳动法律顾问或律师，以确保合规并维护双方的合法权益。