职工发放通勤费的规定主要依据《财政部关于企业加强职工福利费财务管理的通知》。以下是对此规定的详细分析：

一. 通勤费纳入职工工资总额

1. 法律依据：根据《财政部关于企业加强职工福利费财务管理的通知》，企业为职工提供的交通补贴，如果已实行货币化改革的，按月按标准发放或支付的交通补贴，无论是直接发放给个人，还是个人提供票据报销后支付的，由于已形成对劳动力成本进行“普惠制”定期按标准补偿的机制，具有工资性质，因此，应当纳入职工工资总额，不再纳入职工福利费管理。

2. 实例说明：假设某企业每月为职工发放通勤费500元，这笔费用应计入职工的工资总额中，而不是作为福利费单独列支。

二. 通勤费的具体发放标准

1. 企业自主权：虽然通勤费需要纳入职工工资总额，但具体的发放标准通常由企业根据自身情况自行制定。企业可以根据职工的居住地与工作地点之间的距离、当地交通成本等因素，合理确定通勤费的发放标准。

2. 公平合理原则：企业在制定通勤费发放标准时，应遵循公平合理原则，确保所有职工都能享受到相对均等的待遇。

三. 通勤费与加班费的区分

1. 性质不同：通勤费是职工因工作原因产生的交通费用补贴，具有工资性质；而加班费是职工在法定工作时间外工作所应获得的额外报酬。

2. 计算方式不同：通勤费通常按月按标准发放，与职工的加班情况无关；而加班费则根据职工的加班时间和加班工资标准计算得出。

四. 通勤费的税务处理

1. 纳税义务：通勤费作为职工工资总额的一部分，需要按照税法规定缴纳个人所得税。

2. 企业申报：企业在申报职工个人所得税时，应将通勤费纳入工资薪金所得进行申报。

我的建议：企业在发放通勤费时，应明确告知职工该费用的性质、发放标准及税务处理等相关信息，确保职工权益得到保障。同时，企业也应根据实际情况合理调整通勤费发放标准，以适应市场变化和职工需求。如有进一步需要，您可以继续咨询我。