入住三个小时退房商家扣百分之五十，这一行为是否正常取决于双方是否有相关约定，以及该约定是否符合法律规定。以下是对此问题的详细分析：

一. 合同约定的重要性

1. 依据合同条款：如果你与商家之间签订了住宿合同，并且合同中明确规定了入住后短时间内退房的扣费标准，那么商家按照合同扣除百分之五十的费用，在合同有效的前提下，是符合双方约定的。
2. 合同未约定或约定不明：如果合同中没有相关规定，或者规定不明确，商家单方面扣除百分之五十的费用则可能缺乏法律依据。

二. 法律规定的考量

1. 消费者权益保护法：根据《中华人民共和国消费者权益保护法》，消费者享有公平交易的权利。如果商家扣除的费用明显不合理，可能构成对消费者公平交易权的侵犯。
2. 合同法的适用：同时，根据《中华人民共和国合同法》，合同双方应当遵循公平原则确定各方的权利和义务。如果商家扣除的费用过高，显失公平，消费者有权要求调整。

三. 实际操作的建议

1. 查看合同条款：首先，你应查看与商家签订的住宿合同，明确是否有关于退房扣费的相关规定。
2. 与商家沟通：如果合同中没有相关规定，或者你认为扣费过高，可以与商家进行沟通，协商合理的扣费标准。
3. 寻求法律帮助：如果无法与商家达成一致，你可以考虑寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。

我的观点：入住三个小时退房商家扣百分之五十是否正常，关键在于双方是否有相关约定，以及该约定是否合理。如果合同中有明确规定且合理，那么商家的行为是符合约定的；如果合同未约定或约定不合理，消费者有权要求调整。如有进一步需要，您可以继续咨询我。