结论：商家扣除客人百分之三十的违约金是否合理，需根据具体情况判断，主要依据是双方签订的租赁合同中的相关条款以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、合同条款的约定
违约金条款的存在与明确性：
- 如果租赁合同中明确约定了客人取消订单时需支付一定比例的违约金，且该比例（如百分之三十）在合同中清晰载明，那么商家按照合同约定扣除违约金是合法的。
- 合同是双方意思自治的体现，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，双方均应遵守。
违约金比例的合理性：
- 即使合同中有违约金条款，但如果扣除的违约金比例过高，可能被视为不合理。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
- 因此，如果客人认为百分之三十的违约金过高，可以请求法院或仲裁机构进行调整。
二、相关法律法规的规定
《中华人民共和国民法典》中关于违约金的规定：
- 根据《民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
- 同时，如果约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
消费者权益保护的角度：
- 在租赁合同中，客人作为消费者，其权益也应受到保护。如果商家利用格式条款（如合同中的违约金条款）加重客人责任、排除客人主要权利，该条款可能被认定为无效。
- 因此，在判断违约金是否合理时，还需考虑合同条款是否公平、合理，是否损害了消费者的合法权益。
三、实际操作中的建议
客人角度：
- 如果客人认为商家扣除的违约金过高或不合理，可以首先与商家协商，尝试达成和解。
- 如果协商无果，客人可以向消费者协会投诉或向法院提起诉讼，请求法院对违约金进行调整。
商家角度：
- 商家在制定合同条款时，应确保违约金比例合理、公平，避免过高或过低。
- 在客人取消订单时，商家应与客人进行充分沟通，解释违约金扣除的原因和依据，以减少纠纷的发生。
举例说明：假设客人与商家签订的租赁合同中明确约定：“客人取消订单时，需支付订单总金额百分之三十的违约金。”如果客人当天网上订房半个多小时后要求退单，且商家因此遭受了实际损失（如房间无法再次出租导致的收入损失），那么商家按照合同约定扣除百分之三十的违约金是合法的。但如果客人能够证明该违约金比例过高（如商家实际损失远低于百分之三十的订单金额），则可以请求法院或仲裁机构对违约金进行调整。
总结与进一步思考：在处理此类租赁合同纠纷时，关键在于审查合同条款的合法性和合理性以及实际损失的大小。如果双方对违约金比例有争议，建议通过协商、投诉或诉讼等方式解决。如果你有具体的合同条款或案件情况需要进一步分析，可以直接向我咨询。