酒店超过12点退房扣钱是否合法，需分情况讨论：

1. 若租赁合同（即酒店住宿合同）中有明确约定退房时间及超时费用：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的协议，具有法律约束力。若合同中明确规定了退房时间为中午12点，且超时将收取一定费用，那么酒店按照合同约定收取超时费用是合法的。
   • 法律依据：《民法典》第四百六十五条：“依法成立的合同，受法律保护。依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。”

2. 若租赁合同中未明确约定退房时间及超时费用：

   • 在这种情况下，酒店单方面规定超过12点退房需扣钱可能缺乏合同依据。根据一般法律原则，酒店应当遵循公平、合理的原则来处理退房事宜，不能单方面设定不合理的费用。
   • 如果酒店未经消费者同意，擅自收取超时费用，消费者有权拒绝支付，并可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
   • 实践建议：消费者在入住酒店时，应仔细阅读合同条款，特别是关于退房时间和超时费用的规定。如果合同中没有明确约定，消费者可以与酒店协商确定一个合理的退房时间，并避免超时退房以产生不必要的费用。

3. 关于超时费用的合理性：

   • 即使合同中有约定超时费用，该费用也应当合理。如果酒店设定的超时费用过高，超出了合理范围，那么该费用可能被视为不公平的格式条款，消费者有权要求调整或拒绝支付。
   • 法律依据：《民法典》第四百九十七条：“有下列情形之一的，该格式条款无效：……（二）提供格式条款一方不合理地免除或者减轻其责任、加重对方责任、限制对方主要权利；（三）提供格式条款一方排除对方主要权利。”

额外建议：

• 作为消费者，在入住酒店前，最好与酒店确认退房时间和超时费用的相关规定，以避免不必要的纠纷。
• 如果遇到酒店不合理收费的情况，消费者可以保留相关证据（如合同、收费凭证等），并向当地消费者协会或旅游监管部门投诉，以维护自己的合法权益。

综上所述，酒店超过12点退房扣钱是否合法，取决于租赁合同中是否有明确约定以及该约定是否合理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。