不相隶属的机关之间确实可以发文件，但这种文件的发送并不构成直接的行政隶属关系或指挥命令。具体来说：

1. 发文性质：不相隶属机关之间的发文，通常是以协商、协调、告知、建议等性质为主，而非强制性的命令或指挥。这些文件可能涉及共同事务的协商、信息的交流、工作的配合等方面。

2. 法律效力：由于不相隶属机关之间不存在直接的行政隶属关系，因此它们之间发送的文件通常不具有强制性的法律效力。这些文件可能只是表达一种意愿、建议或请求，而并非必须履行的法律义务。

3. 处理方式：对于不相隶属机关发来的文件，接收方通常会根据文件的内容和自身的实际情况，进行相应的处理。如果文件涉及共同事务或需要配合的事项，接收方可能会与发文方进行进一步的协商或沟通，以达成共识或确定具体的处理方式。

综上所述，不相隶属的机关之间可以发文件，但这些文件并不构成直接的行政隶属关系或指挥命令，而是以一种更为平等、协商的方式进行交流和合作。如果你在具体操作中遇到相关问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。