行政官司二审只有一个审判长一个书记员是不合法的。以下是详细的分析：

法律依据

根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释的规定，二审法院审理行政案件，应当组成合议庭进行审理。合议庭由审判员组成，或者由审判员和人民陪审员组成，成员应当为三人以上的单数。这意味着，二审行政案件至少应有三名审判员（或审判员与人民陪审员）组成合议庭进行审理。

实际情况分析

在实际操作中，二审开庭时只有一个审判长和一个书记员的情况确实存在，但这并不符合法律的规定。合议庭的组成是确保案件公正审理的重要保障，如果合议庭成员不足，将可能影响案件的公正性和合法性。

法律后果

如果二审行政案件只有一个审判长和一个书记员进行审理，那么该审理程序将存在严重的瑕疵，可能导致案件的判决结果被上级法院撤销或发回重审。这不仅会浪费司法资源，还会给当事人带来不必要的诉累。

建议

如果您在二审行政案件中遇到了只有一个审判长和一个书记员的情况，建议您及时向法院提出异议，要求法院按照法律规定组成合议庭进行审理。如果法院未予纠正，您可以考虑向上级法院反映情况，以维护自己的合法权益。

综上所述，行政官司二审只有一个审判长一个书记员是不合法的，应当组成合议庭进行审理。如果您遇到了这种情况，请及时采取措施维护自己的合法权益。